プロメガ製品 Q & A 【 CAGEクローン 】

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Q. 提供可能なクローン数はいつくですか?

Q. 同じ遺伝子でもクローンが複数に分かれているものがあるのはなぜですか?

Q. どのような基準でクローニングするプロモーター領域を決定していますか?

Q. クローン内のTSS (転写開始点) 情報は公開していますか?

Q. 同じ遺伝子でクローンが複数に分かれている場合、どれを選択すればいいですか?

Q. クローニングされている領域にはTSSは1つしか含まれていませんか?

Q. 各パスウェイの誘導確認はどのような方法で行っていますか?

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Q. 提供可能なクローン数はいつくですか?

A. 2014年1月現在、主要パスウェイで誘導確認済の141クローンをご用意しております。
今後上記パスウェイに関連する合計916クローンを予定しています。

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Q. 同じ遺伝子でもクローンが複数に分かれているものがあるのはなぜですか?

A. TSS(転写開始点)が複数存在し、かつそれらのゲノム上の位置が一定以上離れている場合、クローンを複数に分けています。

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Q. どのような基準でクローニングするプロモーター領域を決定していますか?

A. 約400種の細胞から抽出した全RNAから、キャップ・トラッピング法によりcDNAの5'末端を選別してTSS (転写開始点) を特定し、その情報をもとにTSS周辺領域の上流約2kbをプロモーター領域としてクローニングしています(詳細はCAGE法※を参照)。 ※CAGE法(Cap Analysis Gene Expression)は独立行政法人理化学研究所の技術を基盤とする新規の解析手法です。


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Q. クローン内のTSS (転写開始点) 情報は公開していますか?

A. TSSの詳細は2014年1月現在公開していません。
細胞ごとのTSS情報を含め、現在投稿準備中の論文で公開予定です。

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Q. 同じ遺伝子でクローンが複数に分かれている場合、どれを選択すればいいですか?

A. 細胞種により特異的なTSS (転写開始点) が異なります。クローンリストにあるゲノム上の位置情報をもとに、ご使用目的の組織・細胞種で発現しているmRNAに応じてご選択ください。

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Q. クローニングされている領域にはTSSは1つしか含まれていませんか?

A. いいえ、複数のTSSを含む場合もあります。

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Q. 各パスウェイの誘導確認はどのような方法で行っていますか?

A. Dual Luciferase Assay Systemを使用してレポーターアッセイを行っています。各パスウェイの誘導は以下の条件で検討しています。

Pathway Induction treatment 処理濃度・時間
Hypoxia 1% oxygen, DFO 100uM DFO for 24 hours
Inflammation TNFa 20 ng/ml TNFa for 8 hours
cyclic-AMP forskolin, PMA 100nM PMA for 4 hours
Heat shock 43 degrees 43 degrees C for 8 hours 
DNA damage, apoptosis nutlin 10uM or 200 ng/ml Nutlin for 24 hours
Interferon interferon alpha, interferon gamma 500u/mL interferon alpha for 8 hours
Cholesterol biosynthesis statins, cholesterol 1uM lovastatin for 24 hours
Serum response 20% FBS 20% FBS for 8 hours
Estrogen beta-estradiol 10 nM B-estradiol for 24 hours
Androgen methyltrienolone (R1881) 10 nM methyltrienolone (R1881) for 24 hours
Glucocorticoid dexamethasone, prednisone, cortisone 100 nM dexamethasone for 4 hours

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