プロメガ製品 Q & A 【 細胞株認証 】

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 細胞株認証一般

Q. 論文投稿の際にヒト細胞株の認証を求められました。どういったデータを示せばいいですか?

Q. 培養ヒト細胞株の遺伝子型はどうやって調べればいいですか?

Q. 研究室で保有している培養細胞の遺伝子型と、セルバンクで公開されている該当培養細胞の遺伝子型が若干違います。どういった基準でこの2種類の培養細胞が同じであると判断すればいいですか?

Q. 細胞株のコンタミネーションを検出することは可能ですか?

Q. 細胞株コンタミネーションの検出感度はどれくらいですか?

Q. マウスなど、ヒト以外の生物種由来細胞株のSTR解析はできますか?

Q. ヒト細胞認証は、どのようなタイミングで行えばいいですか?

Q. 同じ細胞の未分化細胞と分化細胞や、同一人物の由来組織を判別することはできますか?

ヒト細胞株認証受託サービス

Q. どのような方法でサンプルを送ればいいですか?

Q. サンプルは精製DNA溶液ですが、サービスの利用は可能ですか?

Q. 手持ちの特定の細胞株が認証できるかどうか知りたいのですが、どのように調べればいいですか?

Q. ヒト個人サンプルや新たにヒトから樹立した細胞株の解析は可能ですか?

[ 解 答 ]

STR

Q. 論文投稿の際にヒト細胞株の認証を求められました。どういったデータを示せばいいですか?

A. 一般論としては、特定のローカス(遺伝子座)の遺伝子型を、STR (Short Tandem Repeat) kitで決定することにより可能です。詳細は投稿規定や、雑誌の編集部にご確認ください。Cancer Research誌を発行しているAACR (American Association of Cancer Research)のウェブサイトや、International Journal of Cancer誌の投稿規定では、STR解析を細胞株の認証方法として紹介しています。

AACR, Cell Line Authentication Information:
http://www.aacr.org/home/scientists/publications-of-the-aacr/author-services-center/cell-line-authentication-information.aspx

International Journal of Cancer, Author Guidelines:
http://onlinelibrary.wiley.com/journal/10.1002/(ISSN)1097-0215/homepage/ForAuthors.html

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Q. 培養ヒト細胞株の遺伝子型はどうやって調べればいいですか?

A. 国立研究開発法人医薬基盤・健康・栄養研究所JCRB細胞バンクや、独立行政法人理化学研究所バイオリソースセンター、またATCC (American Type Culture Collection)では、プロメガPowerPlex®16 HS System (カタログ番号DC2101)などのSTR kitを使い、細胞株の管理を行って頂いています。これらのセルバンクで保有している培養ヒト細胞株は、細胞株固有の情報として遺伝子型が公開されています。
また国立研究開発法人医薬基盤・健康・栄養研究所JCRB細胞バンクでは、得られた遺伝子型を入力すれば、その遺伝子型にマッチする細胞株を検索できるウェブツールも公開されています。

STR matching analysis by your data: http://cellbank.nibio.go.jp/legacy/str2/str006.html

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Q. 研究室で保有している培養細胞の遺伝子型と、セルバンクで公開されている該当培養細胞の遺伝子型が若干違います。どういった基準でこの2種類の培養細胞が同じであると判断すればいいですか?

A. 培養細胞は癌細胞である例が多く、通常の細胞より変異率が高くなっています。従いまして以下の論文では、それぞれ75%、80%の遺伝子型が一致すれば同じ細胞株としていいのではないかという判断基準が提案されています。

Biologists tackle cells' identity crisis:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20520682

Check your cultures! A list of cross-contaminated or misidentified cell lines:
http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/ijc.25242/abstract

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Q. 細胞株のコンタミネーションを検出することは可能ですか?

A. ヒト培養細胞株でしたらプロメガSTRキットを用いて、コンタミネーションの検出は可能です。ヒトは2倍体ですので、コンタミネーションがない場合、基本的にローカス当たり1つ、あるいは2つのアリールが検出されます(まれに染色体の重複などの理由で3つ以上のアリールが検出される細胞はあります)。多くのローカスにおいて、3つ以上のアリールが検出される場合には、他の培養細胞株の混入が疑われます。コンタミネーションが起こった場合のデータ例として、以下リンクに、HEK293細胞DNAにHeLa細胞DNAを混ぜて行ったSTR解析データをご紹介しています(図2)。

Doing Good Science:Authenticating Cell Line Identity:
http://www.promega.co.jp/jp/prometec_J/pdf/pj28/PJ_No28-6.pdf

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Q. 細胞株コンタミネーションの検出感度はどれくらいですか?

A. ヒト細胞株認証では、10-30%コンタミネーションがあった場合に検出可能です。

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Q. マウスなど、ヒト以外の生物種由来細胞株のSTR解析はできますか?

A. できません。弊社でお取り扱いのあるSTRキットはヒトのSTR解析キットですので、他の生物種由来のDNAを鋳型とした場合には、PCRによる増幅を行うことができません。

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Q. ヒト細胞認証は、どのようなタイミングで行えばいいですか?

A. 少なくとも新たに細胞株を樹立する際や、ヒトES細胞では遺伝子プロファイルを確認する必要があると記載されています。また、安定発現株樹立の際にも細胞認証を推奨します。
Cases of mistaken identity:

実験の始まりと終わり、必要であればプロジェクトの途中にも細胞認証を勧めます。
Biologists tackle cells' identity crisis:

また上記Q&Aのように、論文投稿時に細胞認証が求められるケースが増えています。

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Q. 同じ細胞の未分化細胞と分化細胞や、同一人物の由来組織を判別することはできますか?

A. ゲノム情報に変化がないため、STR解析で判別することはできません。

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 ヒト細胞株認証受託サービス

Q. どのような方法でサンプルを送ればいいですか?

ウェブからヒト細胞株認証受託サービスをお申し込み後、弊社よりお客様へFTAカードをご送付いたします。このFTAカードに細胞を付着させて国立研究開発法人医薬基盤・健康・栄養研究所様へお送りください。細胞を5 X 105 cells/mlの濃度で調製し、同一細胞のサンプル40μlをFTAカードの4つの円内すべてにのせて下さい(2x104 cells/40μlを4つ)。細胞の付着方法は、FTAカード送付時の添付書類にも記載がございます。
なお細胞は、培地ではなくPBSで懸濁してFTAカードに付着させても結構です。またセルバンカーに入っている細胞であっても、細胞数を調整して頂ければ問題なく解析に使用できます。

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Q. サンプルは精製DNA溶液ですが、サービスの利用は可能ですか?

培養細胞を対象としたサービスですが、やむを得ない場合は下記をご理解のうえお申込みください。

・精製DNAサンプルの取り違えなどの危険性を排除できないこと
・精製DNAが認証されたとしても保存されている細胞が認証されたわけでないこと

この場合、サービスお申込み後に弊社からお送りするFTAカードに、10 ng/µlの濃度で調整した精製DNAサンプル40 µlを4つの円内すべてにのせ、サンプルが付着した部分がわかるよう、付着部分を鉛筆で囲い印をつけてください(ボールペン不可)。印をつけることでDNAが付着した部分を確実に採取することができ、検査がスムーズに行われます。
FTAカードを使用せず、溶液のまま送付をご希望の場合、100 ng程度をクール便(発払い)にて医薬基盤・健康・栄養研究所様までお送りください。

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Q. 手持ちの特定の細胞株が認証できるかどうか知りたいのですが、どのように調べればいいですか?

A. プロメガテクニカルサービスまでお問い合わせ下さい。

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Q. ヒト個人サンプルや新たにヒトから樹立した細胞株の解析は可能ですか?

「ヒトゲノム・遺伝子解析研究に関する倫理指針」(以下ゲノム指針)の確認ができれば解析可能です。
(1) 検査試料が2000年以前に採取されている場合 ゲノム指針制定前の試料になりますので、感染性の有無などの情報提供のみで検査が実施できます。
(2) 検査試料が2000年以降に採取された場合 ゲノム指針の範疇になりますので、インフォームドコンセントの中で、第三者への供与や解析依頼、共同研究が認められて、倫理審査委員会で許可されていれば、感染性の有無などの情報提供を頂き解析可能と考えられます。
インフォームドコンセント内で第三者への供与や解析依頼、共同研究が記載されていない場合には解析不可能です。

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