HOME > テクニカルサービス > Q & A もくじ > STR分析 (個人識別/細胞株認証)

プロメガ製品 Q & A 【 STR分析 (個人識別/細胞株認証) 】

[ メニュー ]

Q. 細胞株認証、個人識別のためのSTR(Short Tandem Repeat)キットを使用するためには、どのような機器やソフトが必要ですか?

Q. キャピラリー電気泳動装置の設定は何か必要ですか?

Q. Matrix StandardsにはABI PRISM® 310/377 Genetic Analyzer用(カタログ番号DG4640、DG4600)とABI PRISM® 3100 Genetic Analyzer/Applied Biosystems 3130 Genetic Analyzer用(カタログ番号DG4650、DG4700)がありますが、お互いに流用は可能ですか?

Q. Dye set、Run Moduleはどれを選んだらいいですか?

Q. 毎回Spectral Calibrationを行わないといけませんか?

Q. キャピラリー電気泳動装置はシークエンス解析にも使用しています。STR解析とシークエンス解析両方に使用する場合には、アプリケーションを切り換えるたびにSpectral Calibrationを行わないといけませんか?

Q. STR解析ソフトに使用するPanel、Bin fileを入手することは可能ですか?

[ 解 答 ]

STR

Q. 細胞株認証、個人識別のためのSTR(Short Tandem Repeat)キットを使用するためには、どのような機器やソフトが必要ですか?

A. STR-PCRを行うためのPCR装置(GeneAmp® PCR System 9700等のThermal Cycler)、PCR増幅産物を検出するためのキャピラリー電気泳動装置(ABI Genetic Analyzer等)、泳動データを解析するためのソフトウェア(GeneMapper®等)が必要です。

図1Cell ID Systemの実験の流れ

メニューQ&Aもくじ日本語ホーム

Q. キャピラリー電気泳動装置の設定は何か必要ですか?

A. Spectral Calibrationを行う必要があります。使用キット、使用機器に適合したMatrix Standards (カタログ番号DG4650、DG4640等)を用いてSpectral Calibrationを行うことにより、蛍光色素のオーバーラップを補正できる最適なMatrix fileが作成されます。このMatrix fileは機器ごとに設定する必要があり、これにより、泳動サンプル中の個々の蛍光シグナルを正しく区別することができるようになります。使用するSTRキットに適合したMatrix Standardsを用いてSpectral Calibrationを行ってください。

メニューQ&Aもくじ日本語ホーム

Q. Matrix StandardsにはABI PRISM® 310/377 Genetic Analyzer用(カタログ番号DG4640、DG4600)とABI PRISM® 3100 Genetic Analyzer/Applied Biosystems 3130 Genetic Analyzer用(カタログ番号DG4650、DG4700)がありますが、お互いに流用は可能ですか?

A. ABI PRISM® 310/377 Genetic AnalyzerとABI PRISM® 3100 Genetic Analyzer/Applied Biosystems 3130 Genetic Analyzerでは、Spectral Calibrationのアルゴリズムが違うため、流用はできません。ABI PRISM® 310/377 Genetic Analyzerにはカタログ番号DG4640、DG4600を、ABI PRISM® 3100 Genetic Analyzer、Applied Biosystems 3130/3700/3730 Genetic Analyzerにはカタログ番号DG4650、DG4700をお使いください。

メニューQ&Aもくじ日本語ホーム

Q. Dye set、Run Moduleはどれを選んだらいいですか?

A. PowerPlex® 16 HS System、Cell ID™ System等は、fluorescein、JOE、TMR、CXRの4色蛍光システムです。キャピラリー電気泳動装置添付のマニュアルをご確認の上、4-Dye Fragment Analysis用のDye set(3100/3130ではF)、Run Moduleをお選びください。またPowerPlex® ESX System、PowerPlex® ESI Systemはfluorescein、JOE、TMR-ET、CXR-ET、CC5の5色蛍光システムですので、5-Dye Fragment Analysis用のDye set(3100/3130ではG5)、Run Moduleをお選びください。

メニューQ&Aもくじ日本語ホーム

Q. 毎回Spectral Calibrationを行わないといけませんか?

A. 毎回行う必要はありません。光軸調整を伴うレーザーやCCDカメラの修理など、大きなメンテナンスを行った場合や、キャピラリー長やポリマーを変更する場合にはSpectral Calibrationを行ってください。機器の移動を行った場合にもSpectral Calibrationを行うことをお勧めします。またソフトをアップグレードした場合にもSpectral Calibrationが必要なケースがあります。単にキャピラリーやポリマーを交換する場合には再度Spectral Calibrationを行う必要はありません。

メニューQ&Aもくじ日本語ホーム

Q. キャピラリー電気泳動装置はシークエンス解析にも使用しています。STR解析とシークエンス解析両方に使用する場合には、アプリケーションを切り換えるたびにSpectral Calibrationを行わないといけませんか?

A. あらかじめSpectral Calibrationを行っていれば、アプリケーションを切り換える際に再度行う必要はありません。適切なmatrix file、適切なrun moduleが選択されていれば、異なったアプリケーションのための複数の蛍光セットを、同じ機器でお使い頂くことが可能です。

メニューQ&Aもくじ日本語ホーム

Q. STR解析ソフトに使用するPanel、Bin fileを入手することは可能ですか?

A. ご使用になる解析ソフトがGeneMapper® ID Softwareである場合には、Panel、Bin fileは以下サイトからダウンロードして頂けます。

GeneMapper® ID Software Panels & Bin Sets

他のバージョンのGeneMapper® Softwareの場合は、ご使用の機器ごとにカスタムでBin fileを設定する必要がございます。

メニューQ&Aもくじ日本語ホーム