プロメガ製品 Q & A 【 Flexi® クローン 】

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Flexi® ORF Clone

Q. どんなクローンがあるのか、検索方法を教えて下さい。

Q. 注文方法を教えて下さい。

Q. 納期はどれくらいですか?

Q. 欲しい遺伝子が現在のクローンリストにありません。早めに対応していただくことは可能ですか?

Q. 検索すると同じgene symbolを持つのに複数のクローンがヒットする場合があるのはなぜでしょうか?

Q. クローンの挿入配列の情報はどこで得られますか?

Q. gene symbolで検索すると違うgene symbolを持つものもヒットするのはなぜでしょうか?

Q. Original Type クローンのORF配列は全長配列確認していますか?

Q. Flexi® Typeクローン(Flexi® Cloning Type、Flexi® HaloTag® Type)のORF配列は全長配列確認していますか?

Q. サンプルはどんな状態で送られてきますか?

Q. 送られてきたクローンが注文したものと違うようです。

Q. 発現確認(Flexi® HaloTag® Type)はしていますか?

Q. cDNA/ORFとベクター間の配列はどうなっていますか? Kozak配列がついていますか?

Q. pFN21Aはどんなベクターですか?

Q. Flexi® TypeクローンのORFに、Sgf I、Pme Iサイトが含まれることはないのですか?

Q. 他のベクターにORFを移し替えたいのですが?


Flexi® ORF Clone

Q.どんなクローンがあるのか、検索方法を教えて下さい。

現在購入可能なクローンについては、下記のサイトでご検索いただけます。
http://www.kazusa.or.jp/kop/dsearch/
検索サイトのデータベースは逐次更新しております。配列相同性検索は、Product IDの末尾にEがついているE型クローン以外の分譲可能なcDNA/ORFクローンすべてに対応しています。また、フリーワード検索で、Gene Symbolや特定の語句(例えばAndrogen receptor、homeoboxなど)を入力することにより検索できます。
なお、E型クローンは、既存のクローンや、public database の情報を基に、新たに作られるORFクローンです。

取扱クローンの種類詳細については、以下のページをご参照下さい。
http://www.biosupport.kazusa.or.jp/sub_center1/information.html

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Q. 注文方法を教えて下さい。

以下のページをご参照下さい。
http://www.promega.co.jp/flexicloning/order_explanation.html

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Q. 納期はどれくらいですか?

標準型(Product ID の末尾に「アルファベット」が付かないもの)は、2週間~1ヶ月以内の納品となります。E型(Product IDの末尾に「E」が付くもの)は、1ヶ月以上を要する場合があります。個別のクローンの納期については、検索画面よりショッピングカートにお進みいただき、お見積をご依頼下さい。(納期の実績

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Q. 欲しい遺伝子が現在のクローンリストにありません。早めに対応していただくことは可能ですか?

クローンの納期は様々な状況により変動いたします。まずはお見積をご依頼下さい。
なお、E型クローンも検索リストにない場合は、メールにてご希望の配列情報、遺伝子名をお伝えいただければ対応させていただきますので、flexiclone@kazusagt.com までお問い合わせ下さい。可能であれば、Refseqなどpublic databaseのAccession No.をお知らせ下さい。

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Q. 検索すると同じgene symbolを持つのに複数のクローンがヒットする場合があるのはなぜでしょうか?

Product IDの後半5桁の数字が同一のクローンは、原則として同一のORFアミノ酸配列を含んでいます。また、OCクローンに関しては、融合タンパク質が作りやすいよう、わざと終止コドンを欠失させたクローンと、終止コドンを保持した形のクローンの2種類が存在する場合があります。Product IDの5桁の数字が異なるクローンは、塩基配列、あるいは由来が異なっています。しかし、SNP、splicing variantなど、塩基配列上は異なっていても同一の遺伝子座から転写されたものは、同じ遺伝子と判断されるため、ひとつのgene symbolに複数の配列(複数のクローン)が対応する場合があります。variantなどはいずれが正しい/誤りということはなく、また、いずれも機能を持って生体内に存在しているケースもあります。従いまして、お客様ご自身でそれぞれの塩基配列をご確認いただき、使用目的に応じてどのクローンを選択するかをお客様ご自身でご判断いただく必要がございます。

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Q. クローンの挿入配列の情報はどこで得られますか?

分譲可能なcDNA/ORFクローンについては、検索結果のProduct IDのリンク先、各クローンのページに配列情報がございます。E型クローンについては、お見積り時に予定配列をお知らせしております。

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Q. gene symbolで検索すると違うgene symbolを持つものもヒットするのはなぜでしょうか?

ひとつの遺伝座から転写されたcDNAに複数種類のgene symbolが対応する場合がございます。たとえばKIAA0001は現在GPR105、P2RY14、P2Y14というgene symbolで呼ばれていますので、「GPR105」で検索をすると、実体として同一と判断されたgene symbol:P2RY14がヒットします。なお、ホームページ上の各クローンのページ及びクローンの添付書類には、そのクローンの由来となったオリジナルクローンのgene symbolが記載されており、必ずしも検索画面と同一のgene symbol表記になっておりません。

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Q. Original Type クローンのORF配列は全長配列確認していますか?

かずさDNA研究所でクローニングしたクローン(KIAA、FLJ)は、かずさDNA研究所で全長塩基配列を確認しています。
OCクローンは、The ORFeome Collaboration で全長配列解析がなされています。なお、各OCクローンのページで提供しております塩基配列やgene symbol等の基本情報は、The ORFeome Collaborationより提供されたものとなります。

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Q. Flexi® Typeクローン(Flexi® Cloning Type、Flexi® HaloTag® Type)のORF配列は全長配列確認していますか?

PCRは変異が入る確率が比較的高いことから、PCRクローニングにより作製したクローンでは、挿入断片の全長配列を確認しております。一方、制限酵素や大腸菌内相同組み替え法など、変異の入る確率が非常に低いと考えられている方法を用い、すでに全長配列を確認した他のタイプのクローンからORFを切り出して行うクローン作製では、切り出したクローンの妥当性の確認(フラグメントサイズおよび末端配列の確認)にとどめています。
いずれにしろ、クローンが作製されるいずれかの段階で全長配列確認を行い、最終的なクローンの配列を保証しております。

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Q. サンプルはどんな状態で送られてきますか?

~100ngプラスミドDNA/10μl TEの状態で発送します(500μl tube)。
輸送温度および短期保存(1か月程度)は室温、長期保存(2年程度)は-20℃です。増量オプションの場合、冷凍での輸送となります。
※TE溶液に保存されたクローンは室温での輸送でも安定ですが、長期保管については-20℃を推奨しております。

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Q. 送られてきたクローンが注文したものと違うようです。

Fプラスミド容器と添付文章に記載されたPIDをご確認の上、PIDに対応するクローンの個別ページにて配列とベクターの情報をご確認下さい。同じgene symbolでも様々なバリアントが存在しますので、公開している配列がお客様の目的とされている配列と同等であるか、必ずご確認いただくようお願いしております。また、まれに起こりうるクローンの取り違えなどによる誤出荷や、ホスト適合性などによる形質転換時のトラブル(コロニーが得られない、インサートの長さが変わる、切れないなど)の回避のために、クローンが納品されましたら3ヶ月以内にお手持ちの大腸菌との相性等を必ずご確認下さい。3ヶ月以内のトラブル発生時にはサポート(代替クローンの再送等)させていただきます。

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Q. 発現確認(Flexi® HaloTag® Type)はしていますか?

HaloTagの品質管理としては、シークエンスのみを確認しております。
クローンによってはSDS-PAGEによるサイズ確認および細胞内発現を確認したものがあり公開しているものもありますが、通常はこれらの発現確認は行っておりません。
これらの発現確認による品質管理等が必要な場合は、安心国内受託サービスを通じてご相談ください。

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Q. cDNA/ORFとベクター間の配列はどうなっていますか? Kozak配列がついていますか?

Original Typeに関しましては各クローンのページをご覧下さい。
Flexi® Typeは以下のどちらかのFlanking sequenceを持っています。ORFの配列によって違いますので、各クローンの塩基配列と、Flanking sequenceからご判断下さい。
なお、Flexi® HaloTag® Typeからの発現タンパク質はつきましては、N末端にHaloTag® を融合したものとなります。N末に融合しているHaloTag® の開始コドン付近の配列は [ AAA GCC ACC ATG GCA GAA ATC ] となっております。(下線は開始コドン)

Flanking sequence

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Q.pFN21Aはどんなベクターですか?

挿入したORFのN末端に、汎用タグであるHaloTag® を融合させたタンパク質を、哺乳動物の培養細胞などで一過性に発現できるベクターです。哺乳動物発現用のCMVプロモーターや、試験管内での発現に利用できるT7プロモーターを持ちます。Flexi® クローニングシステムに対応し、Ampicillin耐性です。(GenBank Accession No. EU621374)。Barnaseの領域にORFが挿入されています。
シークエンステキストファイル

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Q.Flexi® TypeクローンのORFに、Sgf I、Pme Iサイトが含まれることはないのですか?

ありません。クローニング対象の元のORF配列にSgf I、Pme Iサイトが含まれることはありますが、Flexi® Vectorにクローニングする際に、アミノ酸配列を変えないように塩基置換を導入することで、Sgf I、Pme Iサイトを除去しています。

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Q.他のベクターにORFを移し替えたいのですが?

Flexi® Typeクローンは、Flexi® クローニングシステムに対応しており、様々なタイプのFlexi® VectorへORFを簡便に移し替えることができます。Original TypeからpF1K/pFN21Aへの移し替えは、E型として対応いたしますので、お見積をご依頼下さい。
また、その他のFlexi® Vector等の移し替えや、任意の場所への変異導入等も、安心国内受託サービスにて対応させていただきます。これまでにクローン作製で蓄積した技術と資源をもとに、お客様のニーズにお応えいたします。どうぞお気軽にご相談下さい。

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