オミックスデータ解析サービス

疾患を惹起するメカニズムの解析・関連する薬物の特定

オミックスデータから薬物ターゲットとなる主要制御因子を同定するサービスです。自動解析パイプラインであるGenome Enhancerを使用し、臨床試験で利用/試験中の薬物の中からの治療薬候補の選別、影響を与える可能性のある小分子の予測を行い、科学論文の形式に則ったレポートを返却いたします。

遺伝子発現量の変動の上流にあるキーとなる因子とパスウェイを推定
キーとなる因子に対する薬剤候補の予測
結果は論文形式のレポートにまとめて返却
バイオインフォマティクスの知識は不要

Genome Enhancerとは解析の対象となる疾患価格と納期納品物お申し込みの前に

Genome Enhancerとは

Genome Enhancerは、統合型プロモーター/パスウェイ解析であるUpstream Analysisを用い、既存の研究結果に基づき潜在的な薬物ターゲットを同定します。この解析にはTRANSFAC^®、TRANSPATH^®、HumanPSD™ データベースを使用しています。

TRANSFAC^®：転写因子結合部位のデータベースであり、発現または変異した遺伝子を調節する転写因子の特定を行う
TRANSPATH^®：哺乳類のシグナル伝達と代謝経路のデータベースであり、 TRANSFAC^® で特定された転写因子の一般的なマスターレギュレーターを検索する
HumanPSD™：臨床試験および医薬品のデータベースを含むヒトタンパク質のデータベースであり、膨大な文献をもとに臨床試験が実施された薬物を特定する。
さらに化学情報ツールPASSを用い、特定されたターゲットに影響を与える可能性のある小分子を予測する

Genome Enhancerデモレポートを見る(PDF)

＊Genome Enhancerはドイツ geneXplain社が提供する解析受託サービスです。論文実績はこちら

解析の対象となる疾患

発注時、サンプルの疾患と組織を下記リストから選択していただきます。リストに無い疾患は基本的に癌として解析いたします。

対象疾患/組織リストを見る(xlsx)

価格と納期

横スクロールできます→

*1　マウス、ラットのデータ解析をご希望の場合、ヒトのホモログに置き換えての解析となります。まずはご相談ください。
*2　１群の検体数がいくつでも料金に影響はありません。2群間の比較であれば1比較となります。　例）疾患群10検体と対照群５検体の比較でも1比較
解析の信頼性を高めるため、最低各群2検体以上をお勧めします。
*3　２解析目以降は ¥ 150,000～/比較解析となります。
メニュー	対象生物種	使用ソフトウェア	納期		価格（¥）
Genome Enhancer	ヒト^*1	ー	約2週間	1比較解析^*2	200,000～^*3

納品物

論文形式レポートのPDFファイル（デモレポートは上記をご覧ください）

受け入れ可能なデータ

弊社受託サービス（NGS解析、マルチオミックス解析）で取得したデータ

生データのままでご利用いただけます。

他社NGS受託サービスもしくはご自身で取得されたデータ

fastqファイルの場合：リードQC・フィルタリングおよびトリミング処理済みのデータをお送りください。
これらの処理はオプションメニューでも承ります。価格は上記メニュー表をご参照ください。
カウント値(RPKM、FPKM）、あるいは発現量比較結果の場合：そのままお送りいただけます。

ファイルフォーマット

Transcriptomics (RNA-seq, microarrays)

*.txt, *.csv, *.xls (table with gene identifiers)
*.CEL (affymetrix)
*.txt (special agilent format)
*.txt (special illumina format)
*.fastq

NGSデータにプロテオミクスデータを追加して解析することも可能です（プロテオミクスデータ単独での解析はお受けできません）。

Proteomics

*.txt, *.csv, *.xls (table with protein identifiers)

お申込みの前に

・お預かりしたデータはドイツ国内のサーバにアップして解析を行います。
・解析においてパラメーターの変更はできません。
・納品物は論文形式レポートのPDFファイル（CD-ROM）になります。
　リンクは公的データベースへアクセスできますが、GeneXplain社のデータベースにアクセスするためには別途契約が必要となります。
・受託作業は研究目的とし、診断業務については受託いたしません。

geneXplain社国内総代理店　株式会社かずさゲノムテクノロジーズ（KGT）

Genome Enhancerについてさらにお知りになりたい方に

論文実績

Wingender, E., et al. “The TRANSFAC system on gene expression regulation.” Nucleic Acids Res. 29 (2001): 281–283.
Boyarskikh, Ulyana, et al. “Computational master-regulator search reveals mTOR and PI3K pathways responsible for low sensitivity of NCI-H292 and A427 lung cancer cell lines to cytotoxic action of p53 activator Nutlin-3.” BMC medical genomics 11.1 (2018): 12.
Boyarskikh, U. A., et al. “Master-regulators driving resistance of non-small cell lung cancer cells to p53 reactivator Nutlin-3.” Virtual Biology 4 (2017): 1-31.

無料ウェブセミナー

GeneXplain社による無料ウェブセミナーです。どなたでもご覧いただけます。
【最新セミナー】Genome Enhancerを用いたCOVID-19の薬剤ターゲット予測

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詳細、お見積りは（株）かずさゲノムテクノロジーズにお問い合せください。