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オミックスデータ解析サービス

委託業務実施機関元  公益財団法人かずさDNA研究所 供給元  株式会社かずさゲノムテクノロジーズ
チャレンジ2020キャンペーン 網羅的解析編

疾患を惹起するメカニズムの解析・関連する薬物の特定

オミックスデータから薬物ターゲットとなる主要制御因子を同定するサービスです。自動解析パイプラインであるGenome Enhancerを使用し、臨床試験で利用/試験中の薬物の中からの治療薬候補の選別、影響を与える可能性のある小分子の予測を行い、科学論文の形式に則ったレポートを返却いたします。

  • 遺伝子発現量の変動の上流にあるキーとなる因子とパスウェイを推定
  • キーとなる因子に対する薬剤候補の予測
  • 結果は論文形式のレポートにまとめて返却
  • バイオインフォマティクスの知識は不要

Genome Enhancerとは

Genome Enhancerは、統合型プロモーター/パスウェイ解析であるUpstream Analysisを用い、既存の研究結果に基づき潜在的な薬物ターゲットを同定します。この解析にはTRANSFAC®、TRANSPATH®、HumanPSD™ データベースを使用しています。

  • 1、 TRANSFAC®:転写因子結合部位のデータベースであり、発現または変異した遺伝子を調節する転写因子の特定を行う
  • 2、 TRANSPATH®:哺乳類のシグナル伝達と代謝経路のデータベースであり、 TRANSFAC® で特定された転写因子の一般的なマスターレギュレーターを検索する
  • 3、 HumanPSD™: 臨床試験および医薬品のデータベースを含むヒトタンパク質のデータベースであり、膨大な文献をもとに臨床試験が実施された薬物を特定する。
    さらに化学情報ツールPASSを用い、特定されたターゲットに影響を与える可能性のある小分子を予測する

*Genome Enhancerはドイツ geneXplain社が提供する解析受託サービスです。論文実績はこちら

解析の対象となる疾患

発注時、サンプルの疾患と組織を下記リストから選択していただきます。リストに無い疾患は基本的に癌として解析いたします。

価格と納期

*1 マウス、ラットのデータ解析をご希望の場合、ヒトのホモログに置き換えての解析となります。まずはご相談ください。
*2 1群の検体数がいくつでも料金に影響はありません。2群間の比較であれば1比較となります。 例)疾患群10検体と対照群5検体の比較でも1比較
解析の信頼性を高めるため、最低各群2検体以上をお勧めします。
*3 2解析目以降は ¥ 150,000~/比較解析となります。
*4 使用したライブラリ調製キットの情報が必要となります。
メニュー 対象生物種 使用ソフトウェア 納期   価格(¥) キャンペーン価格(¥)
Genome Enhancer ヒト *1 約2週間 1比較解析 *2 200,000~ *3 150,000
リードのQC・フィルタリング FASTX-Toolkit  1データ 5,000
トリミング *4 1データ 26,000
マッピング (リファレンスアラインメント) StrandNGS  1データ 15,000
発現量解析:TPM StrandNGS 1データ 30,000
発現量解析:RPKM StrandNGS  1データ 30,000
発現量比較 StrandNGS  1データ 15,000
SNP解析 StrandNGS    1データ 15,000

納品物

論文形式レポートのPDFファイル(デモレポートは上記をご覧ください)

受け入れ可能なデータ

弊社受託サービス(NGS解析、マルチオミックス解析)で取得したデータ

  • ー 生データのままでご利用いただけます。

他社NGS受託サービスもしくはご自身で取得されたデータ

  • ー fastqファイルの場合:リードQC・フィルタリングおよびトリミング処理済みのデータをお送りください。
    これらの処理はオプションメニューでも承ります。価格は上記メニュー表をご参照ください。
  • ー カウント値(RPKM、FPKM)、あるいは発現量比較結果の場合:そのままお送りいただけます。

ファイルフォーマット

Transcriptomics (RNA-seq, microarrays)

*.txt, *.csv, *.xls (table with gene identifiers)
*.CEL (affymetrix)
*.txt (special agilent format)
*.txt (special illumina format)
*.fastq

NGSデータにプロテオミクスデータを追加して解析することも可能です(プロテオミクスデータ単独での解析はお受けできません)。

Proteomics

*.txt, *.csv, *.xls (table with protein identifiers)

お申込みの前に

・お預かりしたデータはドイツ国内のサーバにアップして解析を行います。

・解析においてパラメーターの変更はできません。

・納品物は論文形式レポートのPDFファイル(CD-ROM)になります。
 リンクは公的データベースへアクセスできますが、GeneXplain社のデータベースにアクセスするためには別途契約が必要となります。

・受託作業は研究目的とし、診断業務については受託いたしません。

geneXplain社国内総代理店 株式会社かずさゲノムテクノロジーズ(KGT)

Genome Enhancerについてさらにお知りになりたい方に

論文実績
  • Wingender, E., et al. “The TRANSFAC system on gene expression regulation.” Nucleic Acids Res. 29 (2001): 281–283.
  • Boyarskikh, Ulyana, et al. “Computational master-regulator search reveals mTOR and PI3K pathways responsible for low sensitivity of NCI-H292 and A427 lung cancer cell lines to cytotoxic action of p53 activator Nutlin-3.” BMC medical genomics 11.1 (2018): 12.
  • Boyarskikh, U. A., et al. “Master-regulators driving resistance of non-small cell lung cancer cells to p53 reactivator Nutlin-3.” Virtual Biology 4 (2017): 1-31.
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