Access RT-PCR System

Access RT-PCR Systemの逆転写ステップで、目的の遺伝子に特異的なプライマーの代わりにランダムプライマーやoligo(dT)プライマーを使うことができますか

Access RT-PCR Systemを使った反応では、第1鎖cDNA合成のための目的の遺伝子に特異的なプライマーに加えて、1μM oligo(dT)またはランダムプライマーのどちらかを補うことができます。しかし、oligo(dT)プライマーとランダムプライマーはアニーリング温度が低いため、通常推奨される48℃よりも低い温度で行った方が良いかもしれません。たとえば室温で10分間反応させた後、42℃で35分間の反応を行います。この第一段階でプライマーからの伸長が起こるので、42℃に温度を上げたとき、アニーリングの状態は保たれています。一般的に鋳型RNAとプライマーは、室温でアニーリングさせる前に94℃で2分間加熱し、変性させる必要があります。AMV RTは94℃で不活性化されるため、鋳型とプライマーが冷めるまでAMV RTは加えないようにしてください。

oligo(dT)またはランダムプライマーのどちらかが存在している場合でも、遺伝子特異的なプライマーがより高いアニーリング温度である場合は、バックグラウンドのバンドは現れません。例えば、プライマーのデザインが適切で、60~65℃にPCRサイクルのアニーリングステップが設定されている場合、非特異的なプライマーに由来するバックグラウンドのバンドが現れることはありません。(PN71-Q&A)

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